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Arrêts de travail et congés indemnisés : comment bien les gérer en paie ?

La gestion des arrêts de travail et congés légaux est un défi majeur pour les gestionnaires de paie. Entre suivi des IJSS (Indemnités Journalières de Sécurité Sociale), calcul des retenues et maintien de salaire, une maîtrise précise des règles est indispensable pour éviter erreurs et régularisations.

Quelles absences sont indemnisées par la Sécurité Sociale ?

La Sécurité Sociale couvre plusieurs situations :

  • Arrêt maladie (y compris ALD et hospitalisation)

  • Accident du travail / maladie professionnelle (AT/MP)

  • Congés maternité, paternité ou d’adoption

  • Congé de deuil

Chaque absence répond à des conditions d’ouverture de droits et entraîne, selon les cas, un versement d’IJSS.

Traitement en paie : calculs et méthodes

Le calcul de la retenue d’absence dépend de la méthode appliquée :

  • Jours réels : division du salaire par les jours effectivement travaillés dans le mois (méthode la plus précise).

  • Jours ouvrés moyens : base fixe de 21,67 jours/mois (plus simple, mais parfois défavorable au salarié).

  • Jours calendaires : tous les jours du mois (à privilégier si maintien total du salaire).

En cas de subrogation, l’employeur perçoit directement les IJSS, simplifiant la gestion tout en nécessitant un suivi rigoureux des montants.

Maintien de salaire : loi et conventions

Le Code du travail prévoit un maintien partiel à partir du 8ᵉ jour d’absence pour les arrêts maladie ou AT/MP, sous conditions d’ancienneté et de transmission des justificatifs. Certaines conventions collectives peuvent offrir des maintiens plus favorables, y compris pour les congés maternité, paternité ou adoption.

Gagner en efficacité grâce au SIRH

Chez Mon Bureau RH, nous savons que la clé d’une gestion fluide réside dans des outils performants. L’intégration d’un SIRH permet de :

  • Centraliser et automatiser la saisie des absences

  • Suivre les IJSS en temps réel

  • Éviter les ressaisies et incohérences entre paie et déclarations

  • Paramétrer les règles légales et conventionnelles pour fiabiliser les calculs

Nos conseils RH & paie

  1. Automatiser le suivi des IJSS via votre logiciel de paie connecté à Net-Entreprises.

  2. Paramétrer finement les règles de maintien et de subrogation.

  3. Communiquer clairement aux salarié·e·s les procédures et délais.

Grâce à une organisation optimisée et à un SIRH adapté, la gestion des arrêts de travail devient plus simple, plus rapide… et plus fiable. Contactez-nous des aujourd'hui que votre entreprise se trouve à la Réunion, à Mayotte, en Corse ou encore en métropole.

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